Hemmalagets mål gjordes av Kevin Strand och Erik Wallentheim, medan bortalagets mål noterades på Isaac Jonsson 3, Guga Gatjetjiladze och Sven Hammarberg.
Med två omgångar kvar är Mölnlycke på tionde plats i tabellen, och Zenith är på femte plats.
Nästa motstånd för Mölnlycke är Alingsås IF. Lagen möts lördag 28 september 13.00 på Mjörnvallen.